El Instituto Superior Salesiano (ISS) nació gracias al esfuerzo de la Inspectoría salesiana de México-Guadalajara de congregar la comunidad formativa del teologado y de dar profundidad y especificidad salesiana a los estudios que realizaban los salesianos en el seminario diocesano de Guadalajara.

En 1971 el primer grupo de estudiantes de teología se estableció en el barrio de San Javier en Tlaquepaque, dónde posteriormente se construiría el ISS. Posteriormente se les unieron también los núcleos de estudiantes de teología, que entonces residían en las zonas populares de Polanco y en la ciudad de Monterrey, bajo la dirección del P. Horacio Pérez sdb. Con un profesorado propio, dentro de la casa de formación se propuso brindar a los salesianos aspirantes al sacerdocio una formación teológica guiada por un método de formación comunitaria-participativa-integral. 

El P. Alfonso Diez de Sollano sdb. impulsó las prácticas pastorales supervisadas a manera de “laboratorio pastoral”, e inició a fines de ese año los cursos de “Quinquenio” para las generaciones recién egresadas del naciente teologado, primero con una finalidad suplementaria de carencias de formación, y más adelante como un espacio de renovación y actualización espiritual, teológica y pastoral. Durante este periodo se recibió el apoyo magisterial de profesores salesianos extranjeros, al tiempo que la inspectoría optó por formar paso a paso sus propios cuadros docentes, y por instancias del P. Díez de Sollano se integró la “Biblioteca Central Salesiana”. 

En 1980 el P. Pascual Chávez, quien había asumido recientemente la dirección de la comunidad formativa, reestructuró el currículum de estudios teológicos en atención a las indicaciones que el P. Sergio Cuevas sdb, como delegado del Rector Mayor, subrayó en su visita canónica de 1978. 

El ISS fue erigido en Tlaquepaque Jal. por la Provincia Salesiana de México-Guadalajara (MEG) el 8 de diciembre de 1983, con el nombre de Instituto Teológico Salesiano de Tlaquepaque, Jal., para congregar la comunidad formativa del Teologado y atender la formación intelectual de los salesianos aspirantes al orden sacerdotal. Con instalaciones construidas exprofeso y separadas de la casa de formación, la apertura del centro de estudios contó con la presencia del P. Paolo Natali, delegado mundial para la formación de los salesianos, del P. Macrino Guzmán, inspector MEG, y del P. Pascual Chávez, director de la comunidad formativa del Teologado.

Hacia 1985 el Instituto comenzó a internacionalizarse al recibir salesianos procedentes de las inspectorías de las Antillas (1985- ), Ecuador (1987-1999), Estados Unidos Oeste (1997-2010) y Estados Unidos Este (1998-2006), a la vez que adquirió un carácter más eclesial al abrir sus puertas a estudiantes de otras congregaciones religiosas y a laicos interesados en realizar una seria formación teológica.  Para entonces, el naciente Instituto aspiraba ya a convertirse en un “centro de reflexión teológica y de promoción teológica”, es decir, en “un centro donde se elaborara teología”, “que permitiera comunicar el patrimonio… y la riqueza de la Iglesia, que a lo largo de dos mil años ha profundizado el misterio cristiano, y al mismo tiempo contextualizar tal patrimonio a los desafíos y oportunidades que el contexto mexicano presenta” (Locución del Rector Mayor, P. Pascual Chávez a la comunidad educativa del Instituto, durante su visita el 8 de febrero de 2013).

Inspirándose y poniendo en acción las orientaciones del XXI Capítulo General de la Congregación Salesiana, el Centro de estudios asumió después las directrices dadas por la Ratio Fundamentalis Institutionis Sacerdotalis de la Congregación para la Educación Católica de 1985, como por la Ratio Fundamentalis Institutionis et Studiorum del mismo año, sobre la “Formación de los Salesianos de Don Bosco”. Bajo tales circunstancias, se planteó la necesidad de buscar la afiliación del Centro de estudios a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia Salesiana de Roma, para garantizar la seriedad de los estudios, y el otorgamiento de títulos con validez eclesial.

Tras un largo proceso de gestiones para obtener dicha afiliación, impulsado por el P. Gerardo Gómez sdb y el P. Octavio Balderas sdb, con Decreto ad aliud quinquennium del 29 de junio de 1994, la Congregación para la Educación Católica constituyó y declaró la afiliación canónica de los estudios a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia Salesiana de Roma, que le concede la potestad de otorgar el grado académico de Bachillerato en Sagrada Teología a los alumnos que se forman para el sacerdocio. Esto supuso un arduo trabajo de formalización académica de los estudios y el desarrollo de una normatividad apropiada para esta relación de afiliación, y, a partir de ello, el centro de estudios asumió propiamente el nombre de Instituto Teológico Salesiano “Cristo Resucitado”.

En 2006 bajo la dirección del P. Salvador Delgadillo sdb. se firmó el primer “Convenio de Colaboración Inter-Inspectorial para el centro de Estudios «Cristo Resucitado»” entre las Inspectorías de Salesianas de México-Guadalajara, México-México, Antillas y Estados Unidos Oeste, con la finalidad de garantizar los apoyos espirituales, morales, materiales y el personal docente que requiere el Instituto.

En 2009 por indicación del P. Salvador Cleofás Murguía Villalobos se inició el proceso de diseño curricular para la obtención del reconocimiento de validez oficial de estudios del Instituto (RVOE), el cual quedó concluido bajo la rectoría del P. Sergio de la Cruz Loera. El 3 de octubre de 2011, la Secretaría de Educación Jalisco le otorgó el Reconocimiento de Validez Oficial de los Estudios para impartir la Licenciatura en Teología, con el Acuerdo ESLI20111449, a los religiosos y los seglares que así lo requieran, hasta la obtención de tal reconocimiento el 3 de octubre de 2011. Y a partir de entonces, el Instituto Teológico Salesiano cambió su nombre a Instituto Superior Salesiano, con la intención de ampliar en un futuro cercano la oferta de sus estudios a otras disciplinas auxiliares para la formación pastoral, educativa, juvenil y de medios de comunicación características de la misión salesiana, aunque conservando la centralidad de su vocación de ser un espacio para la formación teológica de los salesianos aspirantes al orden sacerdotal.

En su empeño por cualificar y ampliar su propuesta educativa, además de la Licenciatura en Teología, el ISS ofrece algunos diplomados dirigidos a agentes de pastoral interesados en crecer en su formación teológica, pastoral, educativa y en el trabajo pastoral juvenil. Durante el ciclo ordinario, el Instituto ofrece el Diplomado en Teología; y durante el verano, imparte los Diplomados en Teología de la Vida religiosa, Formación de Formadores y Pastoral Juvenil.